Microbes on Earth - ES2304 & ES7027

layout: true
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background-size: 35%, 25%, 20%

# Microbes on Earth

---

## R session 02 - Data wrangling

2021-10-12

---
layout: false
class: middle, inverse

# Outline

.font150[
* [Data frames](#data_frames)
* Concept of tidy data
* Reading data
* Manipulating data
    * Columns
    * Rows
]

---
exclude: true   
layout: false

background-image: url(img/wooclap_01.png)
background-position: middle center 
background-size: 100%

# Wooclap - Quizz on first 2 classes

https://www.wooclap.com/R01
]

---
exclude: true 
layout: false

# R objects

* List

* Matrix

* Factors

* **Data frames**

---

# Data frames

---
name: data_frames

## What is it ?

* Table mixing different types of columns (an Excel table...)
* However within a column all values are similar, e.g. numeric, logical, character

```r
  df <- data.frame(label = letters[1:6], 
                   id = 1:6, 
                   value = rnorm(6, mean = 0, sd = 1), 
                   flag=c(TRUE, FALSE),                   # recycling rule
                   stringsAsFactors = FALSE)
  df
```

```
  label id      value  flag
1     a  1  1.2682572  TRUE
2     b  2  1.8706980 FALSE
3     c  3 -1.0296620  TRUE
4     d  4  0.8709814 FALSE
5     e  5 -1.1437683  TRUE
6     f  6  0.6079145 FALSE
```
.warning[
* We will NOT use factors: `stringsAsFactors = FALSE` (default in R > 4.0)
]

---

## Useful functions

```r
dim(df)   # returns the dimensions of data frame
```

```
[1] 6 4
```

```r
nrow(df)  # number of rows
```

```
[1] 6
```

```r
ncol(df)  # number of columns
```

```
[1] 4
```

---
exclude: true

## Useful functions

```r
str(df)   # structure of data frame - name, type and preview of data in each column
```

```
'data.frame':	6 obs. of  4 variables:
 $ label: chr  "a" "b" "c" "d" ...
 $ id   : int  1 2 3 4 5 6
 $ value: num  1.268 1.871 -1.03 0.871 -1.144 ...
 $ flag : logi  TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE
```

```r
colnames(df) # columns names
```

```
[1] "label" "id"    "value" "flag" 
```

---
## Access specific value

* Use the `df[i,j]` notation, first index corresponds to row, second index to column

```r
  df[5,3]
```

```
[1] -1.143768
```
--

* Specify the name of the column

```r
  df[5,"value"]
```

```
[1] -1.143768
```
.warning[
* The result is a **vector**
]
---

## Access specific column

* Use the `df[i,j]` notation

```r
  df[,3]
```

```
[1]  1.2682572  1.8706980 -1.0296620  0.8709814 -1.1437683  0.6079145
```

```r
  df[,"value"]
```

```
[1]  1.2682572  1.8706980 -1.0296620  0.8709814 -1.1437683  0.6079145
```
.warning[
* The result is a **vector**
]

---
exclude: true

## Access specific column

* Use `$`notation

```r
  df$value
```

```
[1]  1.2682572  1.8706980 -1.0296620  0.8709814 -1.1437683  0.6079145
```

---

## This can be used to access a specific value

*  `$` for the column, `[i]` for the row

```r
  df$value[5]
```

```
[1] -1.143768
```

---
## Access row

* Use the `df[i,j]` notation

```r
  df[1,]
```

```
  label id    value flag
1     a  1 1.268257 TRUE
```
.warning[
* The result is a **data frame**
]

---

## Access specific rows
* Rows for which the value of id <= 3

```r
   df[df$id <= 3,]
```

```
  label id     value  flag
1     a  1  1.268257  TRUE
2     b  2  1.870698 FALSE
3     c  3 -1.029662  TRUE
```

```r
   df[df$label ==  "c",]
```

```
  label id     value flag
3     c  3 -1.029662 TRUE
```

.warning[This syntax is complicated - tidyverse packages make it much more easy to manipulate and remember]

---
layout: true

# Tidy data

---
background-image: url(img/R_for_datascience.png)
background-position: right 20px top 20px
background-size: 30%

## Installation and Resources

### Packages

.font70[
* readxl  : Reading Excel files
* readr   : Reading and writing Text files
* dplyr : Filter and reformat data frames
* tidyr : Make data "tidy"
* stringr :  Manipulating strings
* lubridate : Manipulate date
]

* unzip `R-session-02.zip`
* Open in R `data_wrangling.R`

### Resources
.font70[
* [R for data science](https://r4ds.had.co.nz/): (Chapter 5)

* Cheat sheets
    * [Importing data](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/data-import.pdf)
    * [Cleaning up data](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/data-transformation.pdf)
    * [Manipulating strings](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/strings.pdf)
]

---

## Basic concepts

1. Each variable must have its own column.
2. Each observation must have its own row.
2. Each value must have its own cell.

---

## Load necessary libraries

```r
library("readxl") # Import the data from Excel file
library("readr")  # Import the data from Excel file

library("dplyr")  # filter and reformat data frames
library("tidyr")  # make data tidy

library("stringr") # manipulate strings
library("lubridate") # manipulate date

library("ggplot2") # graphics
```

---
layout: true

# Oceanographic data

---

## CARBOM cruise off Brazil

]

* Stations
* Depth
* Coordinates
* Temperature, Salinity
* Nitrates, Phosphates

]

---

## Microbial populations

* Flow cytometry : 
    * pico-eukaryotes
    * nano-eukaryotes
]

.pull-right[
<img src="img/carbom_flow_cytometry.png" width="80%" style="display: block; margin: auto;" />
]

---
layout: true

# Read data

---

## Text file - TAB delimited

---

## Reading a text file

```r
  samples <- readr::read_tsv("data/CARBOM data.txt")
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:right;"> sample number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:right;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

- __readr::read_tsv()__ : read tab delimited files
- __readr::read_csv()__ : read comma delimited files

- __readr::write_tsv()__ : write tab delimited files

---

## Excel sheet

---

## Read the data - read_excel

```r
  samples <- readxl::read_excel("data/CARBOM data.xlsx", 
                           sheet = "Samples_boat")
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* Can also select a range : e.g. A1:Q26
* Can skip lines

---
exclude: true

## Bad data input under Excel
<br>

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;">  </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 33.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;">  </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;">  </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 37.2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;">  </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 37.0 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* There are missing values in the column __station__ because only recorded when changed

---
exclude: true

## Filling missing values - fill

```r
  samples <- tidyr::fill(samples, station)
```

--
exclude: true

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
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   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
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   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
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   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
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   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* All missing values have been filled in.

---
layout: false

# Write data

## Text file

- __readr::write_tsv()__ : write tab delimited files

```r
  readr::write_tsv(samples, "data/CARBOM data fixed.tsv")
```

## Excel file

- __openxlsx::write.xlsx__ : write tab delimited files

- Many options: specific sheet, formatting etc...

```r
  openxlsx::write.xlsx(samples, "data/CARBOM data fixed.xlsx")
```

---
exclude: true 
# Write data

## Library rio
* Many output formats
* import() / export()

---

@allison_horst

---
layout: true

# Manipulate columns

---

## List columns

```r
  colnames(samples)
```

```
 [1] "sample number" "transect"      "station"       "date"          "time"          "depth"         "level"         "latitude"      "longitude"     "picoeuks"      "nanoeuks"     
[12] "phosphates"    "nitrates"      "temperature"   "salinity"     
```

---

## Summarize columns

```r
  summary(samples$depth)
```

```
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max.    NA's 
    5.0     5.0    50.0    56.6   100.0   140.0       3 
```

---

## Select specific columns - select

```r
samples_select <- dplyr::select(samples, transect, `sample number`,
                                 station, depth, latitude, longitude, 
                                 picoeuks, nanoeuks)
```

---
## Select a range of columns - select

```r
  samples_select <- dplyr::select(samples, transect:nanoeuks)
```

---

## Unselect columns - select

```r
  samples_select <- dplyr::select (samples, -nitrates, -phosphates)
```

---

## Using the pipe operator - %>%

```r
  samples_select <- samples %>% dplyr::select(transect:nanoeuks)
```

* It is cleaner to write on 2 lines

```r
  samples_select <- samples %>% 
    dplyr::select(transect:nanoeuks)
```

---

## Renaming variables - rename

```r
  samples <- samples %>% 
    dplyr::rename(sample_number = `sample number`)
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

---

## Creating new variables - mutate

```r
  samples <- samples %>% 
    dplyr::mutate(pico_pct = picoeuks/(picoeuks+nanoeuks)*100)
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
   <th style="text-align:right;"> pico_pct </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 72.68293 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 90.99124 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 93.87755 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 88.84910 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 78.47286 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 70.36024 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 60.88044 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 93.80143 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 86.34206 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 57.73672 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* You can also use __transmute()__ but then it will drop all the other columns.
* It is much much better to compute new variables in R than in Excel, because you can easily track and correct errors.

---

## Using the pipe operator you can chain operations

```r
  samples_select <- samples  %>% 
    dplyr::select(sample_number:nanoeuks, level) %>% 
    dplyr::mutate(pico_pct = picoeuks/(picoeuks+nanoeuks)*100)
```

---

## Creating labels with mutate and stringr functions

```r
  samples <- samples %>% 
    dplyr::mutate(sample_label = str_c("TR",transect,"St",station, sep="_"))
```

---
exclude: true 
## Changing type of some columns - mutate

```r
  samples <- samples %>% 
    dplyr::mutate(time = str_c(lubridate::hour(time), 
                               lubridate::minute(time), sep=":"))
```

--
exclude: true

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
   <th style="text-align:right;"> pico_pct </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 72.68293 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 90.99124 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 93.87755 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 88.84910 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 78.47286 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 70.36024 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 60.88044 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 93.80143 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 17:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 86.34206 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 12:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 57.73672 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* Use the `lubridate` package to manipulate dates

---
layout: true

# Manipulating rows

---
## Order rows - arrange

```r
  samples <- samples %>% 
    dplyr::arrange(transect, station)
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
   <th style="text-align:right;"> pico_pct </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -25.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.36 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1005 </td>
   <td style="text-align:right;"> 898 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 52.81135 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 21 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 0:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.09 </td>
   <td style="text-align:right;"> 793 </td>
   <td style="text-align:right;"> 660 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.16 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.90 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.8 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 54.57674 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 26 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-03 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.31 </td>
   <td style="text-align:right;"> -39.38 </td>
   <td style="text-align:right;"> 907 </td>
   <td style="text-align:right;"> 856 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 51.44640 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7651 </td>
   <td style="text-align:right;"> 4845 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.07 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 61.22759 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7343 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3258 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.07 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 69.26705 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 72.68293 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3181 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1235 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 72.03351 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 90.99124 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 17:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 86.34206 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 87 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6189 </td>
   <td style="text-align:right;"> 622 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.51 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 90.86771 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>
* Station 6 is not ordered numerically.  It is because __station__ is a character column.

---
exclude: true

## Order rows - transform to numeric

```r
  samples <- samples %>% 
    dplyr::mutate(station = as.numeric(station)) %>% 
    dplyr::arrange(transect, station)
```

--
exclude: true

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:right;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
   <th style="text-align:right;"> pico_pct </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7651 </td>
   <td style="text-align:right;"> 4845 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.07 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 61.22759 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7343 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3258 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.07 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 69.26705 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -25.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.36 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1005 </td>
   <td style="text-align:right;"> 898 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 52.81135 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 21 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 0:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.09 </td>
   <td style="text-align:right;"> 793 </td>
   <td style="text-align:right;"> 660 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.16 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.90 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.8 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 54.57674 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 26 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-03 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.31 </td>
   <td style="text-align:right;"> -39.38 </td>
   <td style="text-align:right;"> 907 </td>
   <td style="text-align:right;"> 856 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 51.44640 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 72.68293 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3181 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1235 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 72.03351 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 90.99124 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 17:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 86.34206 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 87 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6189 </td>
   <td style="text-align:right;"> 622 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.51 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 90.86771 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* One station named "Bloom" could not be converted to numerical (-> NA)

---

## Summarize rows - count

* Compute number of stations per transect

```r
  stations_count <- samples %>% 
    dplyr::count(transect) 
```

---

## Summarize rows - group_by / summarize

* Group by transect and station
* Compute mean of the percent picoplankton

```r
  samples_mean <- samples %>% 
    dplyr::group_by(transect, station) %>% 
    dplyr::summarise(n_samples = n(), 
              mean_pico_percent = mean(pico_pct, na.rm=TRUE))
```

---

## Filtering rows - filter

* Get only the surface samples

```r
  samples_surf <- samples %>% 
    dplyr::filter(level == "Surf" ) 
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:right;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
   <th style="text-align:right;"> pico_pct </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -25.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.36 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1005 </td>
   <td style="text-align:right;"> 898 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 52.81135 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 0:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.09 </td>
   <td style="text-align:right;"> 793 </td>
   <td style="text-align:right;"> 660 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.16 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.90 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.8 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 54.57674 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 26 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-03 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.31 </td>
   <td style="text-align:right;"> -39.38 </td>
   <td style="text-align:right;"> 907 </td>
   <td style="text-align:right;"> 856 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 51.44640 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 93.87755 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 70.36024 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 12:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 57.73672 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 155 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 106 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.12 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.17 </td>
   <td style="text-align:right;"> 355 </td>
   <td style="text-align:right;"> 18 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.37 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 95.17426 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 165 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 114 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 21:40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.65 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.99 </td>
   <td style="text-align:right;"> 728 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.28 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 76.31027 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> Trichod.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1002 </td>
   <td style="text-align:right;"> 194 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;"> 83.77926 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> Trichod.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 744 </td>
   <td style="text-align:right;"> 206 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;"> 78.31579 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* ! Use the logical operators __==__ != > >= < <= is.na()

---

# Recap

- Import and Export data

- Select and create columns

- Summarize data

- _Joining_

- _Long vs. Wide format_

- _Displaying tables_

---
layout: false
background-image: url(img/R_for_datascience.png)
background-position: right 20px top 20px
background-size: 30%

# Next time: Data visualization (ggplot2)

## What you will learn :
* Understand the "grammar" of graphics
* Create exploratory graphics

.student[
* Please install the following packages and their dependencies
    * ggplot2
* Download data files (links on slack)
]

## Reading list
* [Chapter 28 of R for data science](https://r4ds.had.co.nz/graphics-for-communication.html)
* *[Fundamental of data visualization](https://serialmentor.com/dataviz/)*
* *[Data visualization: practical introduction](http://socviz.co/lookatdata.html#what-makes-bad-figures-bad)*