Fundamental of Data Science for EESS

layout: true
background-image: url(img/course-logo.png), url(img/logo_SBR.png), url(img//NTU-Logo-full-colour.png)
background-position: right top 30px,  right 50px bottom 50px,left 50px bottom 50px, top 350px left 500px 
background-size: 45%, 25%, 20%

# Fundamental of Data Science for EESS

---

## R session 04 - Data wrangling

2021-02-05

---
layout: false
class: middle, inverse

# Outline

.font150[
* [Data frames](#data_frames)
* Concept of tidy data
* Reading data
* Manipulating data
    * Columns
    * Rows
    * Joining tables
    * Going from wide to long format
]

---
background-image: url(img/wooclap_01.png)
background-position: middle center 
background-size: 100%

# Wooclap - Quizz on first 2 classes

https://www.wooclap.com/R01
]

---

# R objects

* List

* Matrix

* Factors

* **Data frames**

---

# Data frames

---
name: data_frames

## What is it ?

* Table mixing different types of columns (an Excel table...)
* However within a column all values are similar, e.g. numeric, logical, character

```r
  df <- data.frame(label = letters[1:6], 
                   id = 1:6, 
                   value = rnorm(6, mean = 0, sd = 1), 
                   flag=c(TRUE, FALSE),                   # recycling rule
                   stringsAsFactors = FALSE)
  df
```

```
  label id      value  flag
1     a  1  1.3952912  TRUE
2     b  2  0.4437818 FALSE
3     c  3 -0.5267217  TRUE
4     d  4 -0.8592721 FALSE
5     e  5  1.1239631  TRUE
6     f  6 -1.1016689 FALSE
```
.warning[
* We will NOT use factors: `stringsAsFactors = FALSE` 
]

---

## Useful functions

```r
dim(df)  # returns the dimensions of data frame
```

```
[1] 6 4
```

```r
nrow(df)  # number of rows
```

```
[1] 6
```

```r
ncol(df)  # number of columns
```

```
[1] 4
```

---

## Useful functions

```r
str(df)  # structure of data frame - name, type and preview of data in each column
```

```
'data.frame':	6 obs. of  4 variables:
 $ label: chr  "a" "b" "c" "d" ...
 $ id   : int  1 2 3 4 5 6
 $ value: num  1.395 0.444 -0.527 -0.859 1.124 ...
 $ flag : logi  TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE
```

```r
colnames(df)  # columns names
```

```
[1] "label" "id"    "value" "flag" 
```

---
## Access specific value

* Use the `df[i,j]` notation, first index corresponds to row, second index to column

```r
df[5, 3]
```

```
[1] 1.123963
```
--

* Specifiy the name of the column

```r
df[5, "value"]
```

```
[1] 1.123963
```
.warning[
* The result is a **vector**
]
---

## Access specific column

* Use the `df[i,j]` notation

```r
df[, 3]
```

```
[1]  1.3952912  0.4437818 -0.5267217 -0.8592721  1.1239631 -1.1016689
```

```r
df[, "value"]
```

```
[1]  1.3952912  0.4437818 -0.5267217 -0.8592721  1.1239631 -1.1016689
```
.warning[
* The result is a **vector**
]

---

## Access specific column

* Use `$`notation

```r
df$value
```

```
[1]  1.3952912  0.4437818 -0.5267217 -0.8592721  1.1239631 -1.1016689
```

## This can be used to access a specific value

*  `$` for the column, `[i]` for the row

```r
df$value[5]
```

```
[1] 1.123963
```

---
## Access row

* Use the `df[i,j]` notation

```r
df[1, ]
```

```
  label id    value flag
1     a  1 1.395291 TRUE
```
.warning[
* The result is a **data frame**
]

---

## Access specific rows
* Rows for which the value of id <= 3

```r
   df[df$id <= 3,]
```

```
  label id      value  flag
1     a  1  1.3952912  TRUE
2     b  2  0.4437818 FALSE
3     c  3 -0.5267217  TRUE
```

```r
df[df$label == "c", ]
```

```
  label id      value flag
3     c  3 -0.5267217 TRUE
```

.warning[This syntax is complicated - tidyverse packages make it much more easy to manipulate and remember]

---
layout: true

# Tidy data

---

## Installation and Resources

.font70[
* readxl  : Reading Excel files
* readr   : Reading and writing Text files
* dplyr : Filter and reformat data frames
* tidyr : Make data "tidy"
* stringr :  Manipulating strings
* lubridate : Manipulate date
* unzip `R-session-04.zip`
* Open in R `R-session-04-data_wrangling.R`
]

### Resources
.font70[
* [R for data science](https://r4ds.had.co.nz/): (Chapter 5)

* Cheat sheets
    * [Importing data](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/data-import.pdf)
    * [Cleaning up data](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/data-transformation.pdf)
    * [Manipulating strings](https://github.com/rstudio/cheatsheets/raw/master/strings.pdf)
]
]

<img src="img/R_for_datascience.png" width="65%" style="display: block; margin: auto;" />
]

---

## Basic concepts

1. Each variable must have its own column.
2. Each observation must have its own row.
2. Each value must have its own cell.

---

## Load necessary libraries

```r
library("readxl")  # Import the data from Excel file
library("readr")  # Import the data from Excel file

library("dplyr")  # filter and reformat data frames
library("tidyr")  # make data tidy

library("stringr")  # manipulate strings
library("lubridate")  # manipulate date

library("ggplot2")  # graphics
```

---
layout: true

# Oceanographic data

---

## CARBOM cruise off Brazil

]

* Stations
* Depth
* Coordinates
* Temperature, Salinity
* Nitrates, Phosphates

]

---

## Microbial populations

.pull-right[
<img src="img/carbom_flow_cytometry.png" width="80%" style="display: block; margin: auto;" />
]
* Flow cytometry : 
    * pico-eukaryotes
    * nano-eukaryotes

---
layout: true

# Read data

---

## Text file - TAB delimited

---

## Reading a text file

```r
samples <- readr::read_tsv("data/CARBOM data.txt")
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:right;"> sample number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:right;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 18/11/2013 </td>
   <td style="text-align:left;"> 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

- __readr::read_tsv()__ : read tab delimited files
- __readr::read_csv()__ : read comma delimited files

- __readr::write_tsv()__ : write tab delimited files

---

## Excel sheet

---

## Read the data - read_excel

```r
samples <- readxl::read_excel("data/CARBOM data.xlsx", sheet = "Samples_boat")
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* Can also select a range : e.g. A1:Q26
* Can skip lines

---

## Bad data input under Excel
<br>

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;">  </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 33.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;">  </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;">  </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 37.2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;">  </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;background-color: lightyellow !important;"> 37.0 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* There are missing values in the column __station__ because only recorded when changed

---

## Filling missing values - fill

```r
samples <- tidyr::fill(samples, station)
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* All missing values have been filled in.

---
layout: false

# Write data

## Text file

- __readr::write_tsv()__ : write tab delimited files

```r
readr::write_tsv(samples, "data/CARBOM data fixed.tsv")
```

## Excel file

- __openxlsx::write.xlsx__ : write tab delimited files

- Many options: specific sheet, formatting etc...

```r
openxlsx::write.xlsx(samples, "data/CARBOM data fixed.xlsx")
```

---

# Write data

## Library rio
* Many output formats
* import() / export()

---

@allison_horst

---
layout: true

# Manipulate columns

---

## List columns

```r
colnames(samples)
```

```
 [1] "sample number" "transect"      "station"       "date"         
 [5] "time"          "depth"         "level"         "latitude"     
 [9] "longitude"     "picoeuks"      "nanoeuks"      "phosphates"   
[13] "nitrates"      "temperature"   "salinity"     
```

---

## Summarize columns

```r
summary(samples$depth)
```

```
   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max.    NA's 
    5.0     5.0    50.0    56.6   100.0   140.0       3 
```

---

## Select specific columns - select

```r
samples_select <- dplyr::select(samples, transect, `sample number`, station, depth, 
    latitude, longitude, picoeuks, nanoeuks)
```

---
## Select a range of columns - select

```r
samples_select <- dplyr::select(samples, transect:nanoeuks)
```

---

## Unselect columns - select

```r
samples_select <- dplyr::select(samples, -nitrates, -phosphates)
```

---

## Using the pipe operator - %>%

```r
samples_select <- samples %>% dplyr::select(transect:nanoeuks)
```

* It is cleaner to write on 2 lines

```r
  samples_select <- samples %>% 
    dplyr::select(transect:nanoeuks)
```

---

## Renaming variables - rename

```r
samples <- samples %>% dplyr::rename(sample_number = `sample number`)
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

---

## Creating new variables - mutate

```r
  samples <- samples %>% 
    dplyr::mutate(pico_pct = picoeuks/(picoeuks+nanoeuks)*100)
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
   <th style="text-align:right;"> pico_pct </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 01:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 72.68293 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 13:30:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 90.99124 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 93.87755 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 88.84910 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 23:50:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 78.47286 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 70.36024 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 60.88044 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 05:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 93.80143 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 17:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 86.34206 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1899-12-31 12:00:00 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 57.73672 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* You can also use __transmute()__ but then it will drop all the other columns.
* It is much much better to compute new variables in R than in Excel, because you can easily track and correct errors.

---

## Using the pipe operator you can chain operations

```r
  samples_select <- samples  %>% 
    dplyr::select(sample_number:nanoeuks, level) %>% 
    dplyr::mutate(pico_pct = picoeuks/(picoeuks+nanoeuks)*100)
```

---

## Creating labels with mutate and stringr functions

```r
  samples <- samples %>% 
    dplyr::mutate(sample_label = str_c("TR",transect,"St",station, sep="_"))
```

---

## Changing type of some columns - mutate

```r
  samples <- samples %>% 
    dplyr::mutate(time = str_c(lubridate::hour(time), 
                               lubridate::minute(time), sep=":"))
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
   <th style="text-align:right;"> pico_pct </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 72.68293 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 90.99124 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 93.87755 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.6 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 88.84910 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.56 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.21 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 78.47286 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 70.36024 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 60.88044 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 37.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 93.80143 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 17:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 86.34206 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:left;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 12:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 57.73672 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* Use the `lubridate` package to manipulate dates

---
layout: true

# Manipulating rows

---
## Order rows - arrange

```r
samples <- samples %>% dplyr::arrange(transect, station)
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:left;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
   <th style="text-align:right;"> pico_pct </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -25.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.36 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1005 </td>
   <td style="text-align:right;"> 898 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 52.81135 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 21 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 0:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.09 </td>
   <td style="text-align:right;"> 793 </td>
   <td style="text-align:right;"> 660 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.16 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.90 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.8 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 54.57674 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 26 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-03 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.31 </td>
   <td style="text-align:right;"> -39.38 </td>
   <td style="text-align:right;"> 907 </td>
   <td style="text-align:right;"> 856 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 51.44640 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7651 </td>
   <td style="text-align:right;"> 4845 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.07 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 61.22759 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7343 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3258 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.07 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 69.26705 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 72.68293 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3181 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1235 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 72.03351 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 90.99124 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 17:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 86.34206 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:left;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 87 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6189 </td>
   <td style="text-align:right;"> 622 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.51 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 90.86771 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>
* Station 6 is not ordered numerically.  It is because __station__ is a character column.

---

## Order rows - transform to numeric

```r
  samples <- samples %>% 
    dplyr::mutate(station = as.numeric(station)) %>% 
    dplyr::arrange(transect, station)
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:right;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
   <th style="text-align:right;"> pico_pct </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7651 </td>
   <td style="text-align:right;"> 4845 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.07 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 61.22759 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7343 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3258 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.07 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 69.26705 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -25.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.36 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1005 </td>
   <td style="text-align:right;"> 898 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 52.81135 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 21 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 0:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.09 </td>
   <td style="text-align:right;"> 793 </td>
   <td style="text-align:right;"> 660 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.16 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.90 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.8 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 54.57674 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 26 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-03 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.31 </td>
   <td style="text-align:right;"> -39.38 </td>
   <td style="text-align:right;"> 907 </td>
   <td style="text-align:right;"> 856 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 51.44640 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 72.68293 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3181 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1235 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.26 </td>
   <td style="text-align:right;"> 17.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 72.03351 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 90.99124 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 17:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.34 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 20.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 86.34206 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;font-weight: bold;background-color: lightyellow !important;"> 87 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6189 </td>
   <td style="text-align:right;"> 622 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.47 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1.51 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 90.86771 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* One station named "Bloom" could not be converted to numerical (-> NA)

---

## Summarize rows - count

* Compute number of stations per transect

```r
  stations_count <- samples %>% 
    dplyr::count(transect) 
```

---

## Summarize rows - group_by / summarize

* Group by transect and station
* Compute mean of the percent picoplankton

```r
  samples_mean <- samples %>% 
    dplyr::group_by(transect, station) %>% 
    dplyr::summarise(n_samples = n(), 
              mean_pico_percent = mean(pico_pct, na.rm=TRUE))
```

---

## Filtering rows - filter

* Get only the surface samples

```r
samples_surf <- samples %>% dplyr::filter(level == "Surf")
```

<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:right;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> phosphates </th>
   <th style="text-align:right;"> nitrates </th>
   <th style="text-align:right;"> temperature </th>
   <th style="text-align:right;"> salinity </th>
   <th style="text-align:right;"> pico_pct </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -25.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.36 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1005 </td>
   <td style="text-align:right;"> 898 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 52.81135 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 0:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.09 </td>
   <td style="text-align:right;"> 793 </td>
   <td style="text-align:right;"> 660 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.16 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.90 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.8 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 54.57674 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 26 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-03 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.31 </td>
   <td style="text-align:right;"> -39.38 </td>
   <td style="text-align:right;"> 907 </td>
   <td style="text-align:right;"> 856 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 51.44640 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.43 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.19 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 33.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 93.87755 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 35.7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 70.36024 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 12:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.14 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 57.73672 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 155 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 106 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.12 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.17 </td>
   <td style="text-align:right;"> 355 </td>
   <td style="text-align:right;"> 18 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.25 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.37 </td>
   <td style="text-align:right;"> 23.0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 95.17426 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 165 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 114 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 21:40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.65 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.99 </td>
   <td style="text-align:right;"> 728 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.29 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0.28 </td>
   <td style="text-align:right;"> 22.4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 36.4 </td>
   <td style="text-align:right;"> 76.31027 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> Trichod.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1002 </td>
   <td style="text-align:right;"> 194 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;"> 83.77926 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> Trichod.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:left;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 744 </td>
   <td style="text-align:right;"> 206 </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;">  </td>
   <td style="text-align:right;"> 78.31579 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* ! Use the logical operators __==__ != > >= < <= is.na()

---
layout: true

# Joining tables

---

---

Very often you have tables that contain a common field and that you need to __join__ together.

A common example in oceanography.  After a cruise you have many tables

Tables :
* Stations - Station #, Longitude, Latitude
* Cast (CTD) - Station #, Cast #, Depth, Temp, Sal (continuous)
* Bottles - Cast #, Depth, Bottle #  
* Water samples - Bottle #, Sample #
* Biological samples - Sample #, Analysis #

You want to know the Longitude and Latitude of a given biological sample.

Analysis # -> Sample # -> Bottle # -> Cast # -> Station # -> Long, Lat

In order to join 2 tables, they must have a common field. It is called the __KEY__.

For example it can be Bottle #, Station #

---
background-image: url(img/carbom_excel_sequences.png)
background-position: right 80px top 80px
background-size: 35%

## Sequence samples (metabarcoding)
.pull-left[
* Each sample has been split into 2 fractions by sorting : pico- and nano
* These separate samples have then been sequenced to determine the composition of the plankton community
]

---

## Reading table with sequence samples

```r
  sequences <- readxl::read_excel("data/CARBOM data.xlsx", 
                           sheet = "Samples_sequencing") 
```

## Using only a subset of the columns in the sample table

```r
samples_select <- samples %>% dplyr::select(sample_number:longitude)
```

---
* Table sequences
<table class="table table-striped table-hover table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample </th>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:left;"> fraction </th>
   <th style="text-align:right;"> n_sequences </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X10n </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 10 </td>
   <td style="text-align:left;"> Nano </td>
   <td style="text-align:right;"> 53230 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X10p </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 10 </td>
   <td style="text-align:left;"> Pico </td>
   <td style="text-align:right;"> 47390 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X11n </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 11 </td>
   <td style="text-align:left;"> Nano </td>
   <td style="text-align:right;"> 24007 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X11p </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 11 </td>
   <td style="text-align:left;"> Pico </td>
   <td style="text-align:right;"> 31899 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> X120n </td>
   <td style="text-align:left;background-color: lightyellow !important;"> 120 </td>
   <td style="text-align:left;"> Nano </td>
   <td style="text-align:right;"> 70455 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

* Table samples_select

* The two tables have a common field called __sample_number__ (KEY).

---

## Joining sequence and sample tables.

```r
sequences_join <- left_join(sequences, samples_select)
```

---

## Joining columns with different names

* If the __KEY__ do not have the same name in the two tables it is possible to specify the name of the two columns used for joining.

```r
  sequences <- sequences %>% 
    rename(sample_code = sample_number)
```
--

---

## Joining columns with different names

```r
  sequences_join <- left_join(sequences, samples_select, 
                            by= c("sample_code" = "sample_number"))
```

---

## Joining with missing data

* Let us remove some samples from the sample table

```r
  samples_select <- samples_select %>% 
    filter(sample_number != "10")
```

---

## Joining with missing data

```r
  sequences_join <- left_join(sequences, samples_select, 
                            by= c("sample_code" = "sample_number"))
```

---
layout: true

# Wide vs long tables

---

@allison_horst

---

## Go from wide to long - pivot_longer

* This is very useful for statistical and plotting purposes

---

## Aim

We want to have a column with type of phytoplankton and one column with abundance

```r
  samples_select <- samples  %>% 
    dplyr::select(sample_number:nanoeuks)
```

---

## Go from wide to long - pivot_longer

```r
  samples_long <- samples_select  %>% 
    tidyr::pivot_longer(picoeuks:nanoeuks, 
                        names_to="population", 
                        values_to="cell_ml" )
```

---

## Go from long to wide - pivot_wider

---

## Go from long to wide - pivot_wider

```r
  samples_wide <- samples_long  %>% 
    tidyr::pivot_wider(names_from = "population", 
                       values_from="cell_ml")
```

---
layout: true

# Display tables

---

## Default

```r
  samples_wide
```

```
# A tibble: 28 x 11
   sample_number transect station date                time  depth level latitude
   <chr>            <dbl>   <dbl> <dttm>              <chr> <dbl> <chr>    <dbl>
 1 1                    0       6 2013-10-31 00:00:00 5:20     45 Deep     -23.6
 2 2                    0       6 2013-10-31 00:00:00 5:20     45 Deep     -23.6
 3 3                    0      19 2013-11-02 00:00:00 13:30     5 Surf     -25.8
 4 5                    0      21 2013-11-02 00:00:00 0:0       5 Surf     -26.2
 5 7                    0      26 2013-11-03 00:00:00 19:30     5 Surf     -27.3
 6 10                   1      81 2013-11-13 00:00:00 1:0     140 Deep     -27.4
 7 9                    1      81 2013-11-13 00:00:00 1:0     140 Deep     -27.4
 8 11                   1      85 2013-11-13 00:00:00 13:30   110 Deep     -26.8
 9 13                   1      86 2013-11-13 00:00:00 17:0    105 Deep     -26.3
10 15                   1      87 2013-11-13 00:00:00 19:30   105 Deep     -26.2
# ... with 18 more rows, and 3 more variables: longitude <dbl>, picoeuks <dbl>,
#   nanoeuks <dbl>
```

---

## Package kableExtra

```r
library(kableExtra)

kbl(samples_wide) %>%
  kable_styling(font_size = 9) 
```

<table class="table" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample_number </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:right;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> latitude </th>
   <th style="text-align:right;"> longitude </th>
   <th style="text-align:right;"> picoeuks </th>
   <th style="text-align:right;"> nanoeuks </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7651 </td>
   <td style="text-align:right;"> 4845 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7343 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3258 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -25.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.36 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1005 </td>
   <td style="text-align:right;"> 898 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 0:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.09 </td>
   <td style="text-align:right;"> 793 </td>
   <td style="text-align:right;"> 660 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 26 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-03 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.31 </td>
   <td style="text-align:right;"> -39.38 </td>
   <td style="text-align:right;"> 907 </td>
   <td style="text-align:right;"> 856 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3181 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1235 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 17:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 87 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6189 </td>
   <td style="text-align:right;"> 622 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 12:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 141 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 12:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 60 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1046 </td>
   <td style="text-align:right;"> 485 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 142 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 12:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 641 </td>
   <td style="text-align:right;"> 159 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 155 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 106 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.12 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.17 </td>
   <td style="text-align:right;"> 355 </td>
   <td style="text-align:right;"> 18 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 156 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 106 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 60 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.12 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.17 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1800 </td>
   <td style="text-align:right;"> 300 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 157 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 106 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 100 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.12 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.17 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6910 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1152 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 165 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 114 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 21:40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.65 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.99 </td>
   <td style="text-align:right;"> 728 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 166 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 114 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 21:40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 60 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.65 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.99 </td>
   <td style="text-align:right;"> 660 </td>
   <td style="text-align:right;"> 578 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 167 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 114 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 21:40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 80 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.65 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.99 </td>
   <td style="text-align:right;"> 722 </td>
   <td style="text-align:right;"> 390 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> Trichod.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1002 </td>
   <td style="text-align:right;"> 194 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> Trichod.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 744 </td>
   <td style="text-align:right;"> 206 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> Trichod.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 600 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

---

## Package kableExtra

```r
kbl(samples_wide, 
    col.names = c("sample", "transect", "station", "date", "time", "depth", 
                 "level", "lat", "long", "pico", "nano")) %>%
  kable_styling(font_size = 9) 
```

<table class="table" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
  <tr>
   <th style="text-align:left;"> sample </th>
   <th style="text-align:right;"> transect </th>
   <th style="text-align:right;"> station </th>
   <th style="text-align:left;"> date </th>
   <th style="text-align:left;"> time </th>
   <th style="text-align:right;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;"> level </th>
   <th style="text-align:right;"> lat </th>
   <th style="text-align:right;"> long </th>
   <th style="text-align:right;"> pico </th>
   <th style="text-align:right;"> nano </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7651 </td>
   <td style="text-align:right;"> 4845 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7343 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3258 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -25.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.36 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1005 </td>
   <td style="text-align:right;"> 898 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 0:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.09 </td>
   <td style="text-align:right;"> 793 </td>
   <td style="text-align:right;"> 660 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 26 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-03 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.31 </td>
   <td style="text-align:right;"> -39.38 </td>
   <td style="text-align:right;"> 907 </td>
   <td style="text-align:right;"> 856 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3181 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1235 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 17:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 87 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6189 </td>
   <td style="text-align:right;"> 622 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 12:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 141 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 12:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 60 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1046 </td>
   <td style="text-align:right;"> 485 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 142 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 12:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 641 </td>
   <td style="text-align:right;"> 159 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 155 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 106 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.12 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.17 </td>
   <td style="text-align:right;"> 355 </td>
   <td style="text-align:right;"> 18 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 156 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 106 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 60 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.12 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.17 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1800 </td>
   <td style="text-align:right;"> 300 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 157 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 106 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 100 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.12 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.17 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6910 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1152 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 165 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 114 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 21:40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.65 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.99 </td>
   <td style="text-align:right;"> 728 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 166 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 114 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 21:40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 60 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.65 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.99 </td>
   <td style="text-align:right;"> 660 </td>
   <td style="text-align:right;"> 578 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 167 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 114 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 21:40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 80 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.65 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.99 </td>
   <td style="text-align:right;"> 722 </td>
   <td style="text-align:right;"> 390 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> Trichod.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1002 </td>
   <td style="text-align:right;"> 194 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> Trichod.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 744 </td>
   <td style="text-align:right;"> 206 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> Trichod.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 600 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
  </tr>
</tbody>
</table>

---

## Package kableExtra

```r
kbl(samples_wide, linesep = "", 
    col.names = c("sample", "transect", "station", "date", "time", "depth", 
                 "level", "lat", "long", "pico", "nano")) %>%
  kable_styling(font_size = 9,
                bootstrap_options = c("condensed") ) %>%
  add_header_above(header = c(" " = 9, "cell/ml"=2)) %>% 
  scroll_box(width = "600px", height = "300px") 
```

<div style="border: 1px solid #ddd; padding: 0px; overflow-y: scroll; height:300px; overflow-x: scroll; width:600px; "><table class="table table-condensed" style="font-size: 9px; margin-left: auto; margin-right: auto;">
 <thead>
<tr>
<th style="empty-cells: hide;border-bottom:hidden;position: sticky; top:0; background-color: #FFFFFF;" colspan="9"></th>
<th style="border-bottom:hidden;padding-bottom:0; padding-left:3px;padding-right:3px;text-align: center; position: sticky; top:0; background-color: #FFFFFF;" colspan="2"><div style="border-bottom: 1px solid #ddd; padding-bottom: 5px; ">cell/ml</div></th>
</tr>
  <tr>
   <th style="text-align:left;position: sticky; top:0; background-color: #FFFFFF;"> sample </th>
   <th style="text-align:right;position: sticky; top:0; background-color: #FFFFFF;"> transect </th>
   <th style="text-align:right;position: sticky; top:0; background-color: #FFFFFF;"> station </th>
   <th style="text-align:left;position: sticky; top:0; background-color: #FFFFFF;"> date </th>
   <th style="text-align:left;position: sticky; top:0; background-color: #FFFFFF;"> time </th>
   <th style="text-align:right;position: sticky; top:0; background-color: #FFFFFF;"> depth </th>
   <th style="text-align:left;position: sticky; top:0; background-color: #FFFFFF;"> level </th>
   <th style="text-align:right;position: sticky; top:0; background-color: #FFFFFF;"> lat </th>
   <th style="text-align:right;position: sticky; top:0; background-color: #FFFFFF;"> long </th>
   <th style="text-align:right;position: sticky; top:0; background-color: #FFFFFF;"> pico </th>
   <th style="text-align:right;position: sticky; top:0; background-color: #FFFFFF;"> nano </th>
  </tr>
 </thead>
<tbody>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7651 </td>
   <td style="text-align:right;"> 4845 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-10-31 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:20 </td>
   <td style="text-align:right;"> 45 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -23.58 </td>
   <td style="text-align:right;"> -41.78 </td>
   <td style="text-align:right;"> 7343 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3258 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -25.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.36 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1005 </td>
   <td style="text-align:right;"> 898 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 5 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 21 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-02 </td>
   <td style="text-align:left;"> 0:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.23 </td>
   <td style="text-align:right;"> -40.09 </td>
   <td style="text-align:right;"> 793 </td>
   <td style="text-align:right;"> 660 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 7 </td>
   <td style="text-align:right;"> 0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 26 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-03 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.31 </td>
   <td style="text-align:right;"> -39.38 </td>
   <td style="text-align:right;"> 907 </td>
   <td style="text-align:right;"> 856 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3278 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1232 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 9 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 81 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 1:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 140 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.42 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.72 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3181 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1235 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 11 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 13:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 16312 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1615 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 13 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 86 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 17:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.33 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.41 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6366 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1007 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 15 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 87 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-13 </td>
   <td style="text-align:left;"> 19:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 105 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -26.22 </td>
   <td style="text-align:right;"> -45.48 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6189 </td>
   <td style="text-align:right;"> 622 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 120 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1150 </td>
   <td style="text-align:right;"> 75 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 121 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 30 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1737 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 122 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 96 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 23:50 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.82 </td>
   <td style="text-align:right;"> 853 </td>
   <td style="text-align:right;"> 234 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 125 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3086 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1300 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 126 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 50 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1217 </td>
   <td style="text-align:right;"> 782 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 127 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 98 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 5:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 85 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.59 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.39 </td>
   <td style="text-align:right;"> 3420 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 140 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 12:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 500 </td>
   <td style="text-align:right;"> 366 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 141 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 12:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 60 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1046 </td>
   <td style="text-align:right;"> 485 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 142 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 101 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-18 </td>
   <td style="text-align:left;"> 12:0 </td>
   <td style="text-align:right;"> 110 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.79 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.96 </td>
   <td style="text-align:right;"> 641 </td>
   <td style="text-align:right;"> 159 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 155 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 106 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.12 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.17 </td>
   <td style="text-align:right;"> 355 </td>
   <td style="text-align:right;"> 18 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 156 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 106 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 60 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.12 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.17 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1800 </td>
   <td style="text-align:right;"> 300 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 157 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 106 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2:30 </td>
   <td style="text-align:right;"> 100 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.12 </td>
   <td style="text-align:right;"> -46.17 </td>
   <td style="text-align:right;"> 6910 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1152 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 165 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 114 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 21:40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 5 </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.65 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.99 </td>
   <td style="text-align:right;"> 728 </td>
   <td style="text-align:right;"> 226 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 166 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 114 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 21:40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 60 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.65 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.99 </td>
   <td style="text-align:right;"> 660 </td>
   <td style="text-align:right;"> 578 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> 167 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 114 </td>
   <td style="text-align:left;"> 2013-11-19 </td>
   <td style="text-align:left;"> 21:40 </td>
   <td style="text-align:right;"> 80 </td>
   <td style="text-align:left;"> Deep </td>
   <td style="text-align:right;"> -28.65 </td>
   <td style="text-align:right;"> -44.99 </td>
   <td style="text-align:right;"> 722 </td>
   <td style="text-align:right;"> 390 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> Trichod.1 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 1002 </td>
   <td style="text-align:right;"> 194 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> Trichod.2 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 744 </td>
   <td style="text-align:right;"> 206 </td>
  </tr>
  <tr>
   <td style="text-align:left;"> Trichod.3 </td>
   <td style="text-align:right;"> 2 </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> NA </td>
   <td style="text-align:right;"> NA </td>
   <td style="text-align:left;"> Surf </td>
   <td style="text-align:right;"> -27.80 </td>
   <td style="text-align:right;"> -47.10 </td>
   <td style="text-align:right;"> 600 </td>
   <td style="text-align:right;"> 218 </td>
  </tr>
</tbody>
</table></div>

---

# Recap

- Import and Export data

- Select and create columns

- Summarize data

- Joining

- Long vs. Wide format

- Displaying tables

---
layout: false

# Next time: Data visualization (ggplot2)

## What you will learn :
* Understand the "grammar" of graphics
* Create exploratory graphics
* Finalize graphics for publications
]

<img src="img/R_for_datascience.png" width="30%" style="display: block; margin: auto;" />
]

.student[
* Please install the following packages and their dependencies
    * ggplot2
    * patchwork
* Download data files (links on slack)

]

## Reading list
* [Chapter 28 of R for data science](https://r4ds.had.co.nz/graphics-for-communication.html)
* *[Fundamental of data visualization](https://serialmentor.com/dataviz/)*
* *[Data visualization: practical introduction](http://socviz.co/lookatdata.html#what-makes-bad-figures-bad)*